Ngày 09 tháng 11 năm 1990, Công ty Yến sào Khánh Hòa được thành lập theo Quyết định số 1352 của UBND Tỉnh Khánh Hòa, thực hiện nhiệm vụ quản lý, khai thác sản phẩm yến sào và kinh doanh xuất khẩu thu ngoại tệ. Đây là mô hình Công ty do UBND tỉnh trực tiếp quản lý đầu tiên trong cả nước. Đến năm 1993 Công ty được thành lập lại theo Nghị định 388 Hội Đồng Bộ Trưởng theo Quyết định số 78/QĐ-UB ngày 16/01/1993 của UBND tỉnh Khánh Hòa. Từ ngày 26/10/2009, Công ty chính thức chuyển đổi thành Công ty TNHH Nhà nước Một thành viên Yến sào Khánh Hòa.
